Possibile, è possibile, e se la situazione è quella che hai descritto (logo esterno al filmato) è anche abbastanza facile.
Con ProjectX, o quel che vuoi, demuxi e controlli file MPG2 per eventuali frame mancanti e sincronismo audio.
Con BBMpeg, o quel che vuoi, multiplexi i file MPV e MPA in modo da ritornare ad avere un file MPG
Poi sono tutte le operazioni da effettuare con DVD2SVCD Utilizzando il codec QuEnc o, meglio ma non è freeware il CCE.
Carichi il file MPG (opzione DVB) e ne chiedi la conversione in DVD.
Richiedi che il Frameserver AviSynth consenta d'essere modificato prima di avviare la fase di conversione.
Imposti, nella serie di comandi da passare all'AviSynth, il cropping del filmato in modo tale da eliminare le bande nere superiore e inferiore (che contengono il logo da togliere), e setti i valori di Resize e AddBorder in modo tale da ricostruire la dimensione finale a 720x576. E' comodo e più semplice fare questa operazione se ti salvi un pezzetto del filmato, lo importi in VirtualDubMod e con il filter Resize definisci esattamente i valori di CROP che sono necessari per eliminare le bande nere.
Imposti gli altri parametri, audio, tipo di encoder usato, dimensione finale desiderata, tipo di file che si vogliono ottenere.
Avvii il tutto e, a secondo del tipo di encoder e di PC dopo un tempo pari a 1,5-3 volte la durata del filmato hai il tuo file pronto per essere masterizzato.
Non è semplicissimo, ma, su DOOM9 ci trovi di tutti i software indicati le guide e le indicazioni di come effettuarne il download.
Se poi il logo è all'interno del filmato, beh, la cosa si fa spessa, ma se ti interessa leggiti questa guida
http://www.doom9.it/capture/logo.html e xlogo lo trovi qui
http://www.avisynth.org/warpenterprises/
Buon divertimento